Un acuífero es la acumulación de agua subterránea que impregna una capa de terreno impermeable. Se suelen situar sobre capas de materiales impermeables (por ejemplo, arcillas o pizarras) y pueden estar cubiertos con otra capa impermeable, en cuyo caso se llama acuífero o manto freático confinado.

El número de acuíferos reportados en el país en 2004 fue de 653, distribuidos en todo el territorio nacional. En ese año, el volumen estimado de agua que se extrajo de los acuíferos fue de 27.2 kilómetros cúbicos, el cual correspondió al 34% de la recarga anual estimada para el país, lo que indicaría un balance positivo y, en teoría, todavía una reserva importante de agua subterránea aprovechable. Sin embargo, a nivel regional la situación es muy diferente. Las regiones hidrológicas administrativas de la Península de Baja California, Golfo Norte y Cuencas Centrales del Norte extraen 6, 14 y 30% más de su recarga, respectivamente, mientras que la región Lerma-Santiago-Pacífico tiene un balance prácticamente de cero. A partir de la década de los años setenta ha aumentado sustancialmente el número de acuíferos sobreexplotados, pasando de 32 en 1975 a 104 en el 2004.